با توجه به اینکه اندازه قطعه حدود ۱۵۰۰ نوکلئوتیدی موردنظر بوده است، و کلون­های مشاهده شده تفاوتی ندارند، یکی از کلون­ها برای تعیین توالی انتخاب شد. تأیید استخراج پلاسمید با ژل آگارز ۱% صورت گرفت.

( اینجا فقط تکه ای از متن فایل پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )

۴-۴-بررسی تعیین ترادف پلاسمید حاوی ژن PCR جدایه UTMC2299
پس از استخراج DNA ژنومی، واکنش PCR بوسیله پرایمرهای ۹F و ۱۵۴۱ جهت تکثیر ۱۶srDNA با بهره گرفتن از DNA ژنومی انجام شد. طول قطعه ۱۶srDNA به دست آمده و در حدودbp 1500 می­باشد، که حاکی از درست بودن واکنش PCR در تکثیر ۱۶srDNA بوده است. توالی نوکلئوتیدی ۱۶srDNA باکتری جداسازی شده در این پروژه و نتایج حاصل از بررسی همولوژی به­دست آمده با کمک نرم افزار Chromas pro خوانده شده است.
GAGTTTGATCATGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCCGACGTGAAAGGGGAGCAATCCCCCGGTAGGGTGGCAAACGGGTGAGTAAGACATGGGTGATCTACCCTGGAGATGGGGATATCCCTCCGAAAGGGGGGGCAATACCGAATAGAGTCCGGTTCCGTGAAGGGGACCGGGGAAAGGGAGGCCTCTGGAACGAGCTTCCGCTCCTGAATGAGCCCATGGCCCATCAGCTAGTTGGTAGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCTGGTCTGAGAGGACAACCAGCCACACTGGCACTGAGACACGGGCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGTGGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACCACTTTTGCCCGGGACGAAAAGGGGCGTCAGAATACGGCGCTTCGATGACGGTACCGGGAGAATAAGCCACGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACAGAGGTGGCAAGCGTTGTTCGGAGTTACTGGGCGTAAAGAGTCTGTAGGTGGTTTGTCAAGTCTTTGGTGAAAGGCCGTGGCTTAACCATGGGAATGCCAAAGAGACTGGCAGACTGGAGGCTGGGAGAGGGAAGCGGAATTTCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCAGAAGGAAGGCCGGTGGCGAAGGCGGCTTCCTGGAACAGGCCTGACACTGAGAGACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGGGTACTAAGTGTGGGAGGGTTAAACCTCCCGTGCCGCAGCCAACGCAGTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGTGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATACCGCGAGTAGGGAACTGAAAGGGGACCGACCGGTTCAGTCCGGAAGCGGAACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTTGGGTTCAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTCTGTTGCCACCGGGTCATGCCGGGCACTCTGAGGGGACTGCCAGCGACAAGTTGGAGGAAGGAGAGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGCCCAGGGCCACACACGTGCAACAATGGCCGGTACAGACGGATGCGAGACCGAGAGGTGGAGCAAATCCGAGAAAGCCGGTCCCAGTTCGGATTGAGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGTATCAGCACGACGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTCTGTTGTACCTGAAGTCGGTGCCCCAACCGGAAACGGAGGGAGCCGCCCAAGGTATGGCCGGTAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAG
این نوکلئوتیدها در بانک ژنی از نظر تطابق با کمک سایتEZ- taxon biocloud مقایسه شده و مشخص گردید که باکتری مورد نظر با شباهت۳۴/۹۸ درصدی باکتری Leptospirillum ferriphylum می­باشد.
بررسی شباهت باکتری با باکتری­ های مشابه EZ- taxon biocloud بررسی شد و نتایج آن مطابق با جدول زیر می­باشد.
جدول ۴-۳) میزان تشابه باکتری جدا شده با سویه­های مشابه

Name

Strain

Author

Accession

Pairwise similarity (%)

Diff/
total nt

Complte (%)

Leptospirillum ferriphilum

AtCC 49881

Coram and rawling 2002

AF356829

۹۸٫۳۴

۲۵/۱۵۰۶

۱۰۰

Leptospirillum ferrooxidans

L15(T)

(ex markosyan 1972) Hippe 2000

X86776

۹۲٫۹۰

۱۰۵/۱۴۷۹

۱۰۰

Nitrospira defluvii

Spieck et al.2006

DQ059545

۸۲٫۹۲

۲۵۵/۱۴۹۳

۱۰۰

Nitrospira moscoviensis

NSP M1(T)

Ehrich et ai.2001

X82558