اغلب فرآیندها، ناکارآمد و پـراکنـده هستنـد. همچنین حداقل معیارهای سنجش برای آن ها وجود ندارد. در حال حاضر مالیات بر درآمد مشاغل و شرکت‌ها تقریباً از یک فرایند مـشتـرک، پیـروی ‌می‌کنند. تمـام مالیات‌های دیگر دارای فرآیندهای مستقل و فرمهای جداگانه اظهارنامه مالیاتی با دفعات تسلیم اظهارنامه متفاوت هستند. این امر منجر به کاربرد بیهوده منابع در فعالیت‌های تکراری می شود. تقریباً تمامی فرآیندها به روش دستی انجام می‌گیرد و توانمندی های ورود داده ها و ذخیره سازی محدود است. فقدان تجزیه و تحلیل کامپیوتری، منجر به روند تشخیص و رسیدگی طولانی و دستی مالیات می شود که مستعد خطا هستند. تـقـریباً هیچ معیار سنجش استانداردی (مانند مدت زمان مورد انتظار، زمانبندی پروژه های بر مبنای درصد پیشرفت کار و…) برای فرآیندها وجود ندارد که به طور منظم قابل پیگیری و ردیابی باشد.

عدم توجه به رضایت مؤدیان مالیاتی در حال حاضر، اغلب فرآیندها از دیدگاه درونی سازمان مالیاتی طراحی می شود و کمتر توجهی به راحتی مؤدیان می شود. این امر، موجب دلسردی مؤدیان و انگیزه اندک آنان برای تمکین از مقررات مالیاتی می شود. فقدان آموزش مؤدیان مالیاتی درباره ی تخصیص صحیح منابع مالیاتی دولت، موجب نارضایتی بیشتر و عدم تمایل آنان به پرداخت مالیات می شود. قواعد شغلی و مقررات مالیاتی پیچیده، مانع از اصلاح فرآیندها می‌شوند. به طور کلی مأموران مالیاتی، درک اندکی از نوع فعالیت و فلسفه ی وجودی فرآیندهایی که به موجب مقررات انجام می شود و یا حاصل عادت‌های درازمدت دیگران است، دارند.

به طور کلی ‌در مورد نحوه ی تفکیک فرآیندها برای انواع پایه های مالیاتی، در قانون مالیات‌های مستقیم، سخنی به میان نیامده است. اغلب مقررات مالیاتی، دارای ابهاماتی هستند که توسط مأموران مالیاتی تفسیر می‎شوند و درک جامع مدیریتی و جمعی از آن ها وجود ندارد. وجود اطلاعات محدود، ضعف اطلاعاتی را در رابطه با مؤدیان ایجاد می‌کند. توزیع و انتقال اطلاعات محدود میان سازمان مالیاتی و سایر ذینفع‌آموزش‌ها (وزارتخانه‌آموزش‌ها، اداره ثبت و مؤدیان مالیاتی) منجر به تشخیص غیردقیق مالیات و از دست رفتن درآمدهای مالیاتی می شود. اطلاعات ضعیف، توانایی سازمان مالیاتی ایران را در انجام حسابرسی موردی محدود می‌کند. ‌به این دلیل که در حال حاضر تمامی شرکت‌ها و مشاغل (تـمامی پرونده های مالیاتی) مورد رسیدگی قرار می‎گیرند، بار کاری ممیزان مالیاتی غیرقابل تحمل است.

روش های اجرایی غیرموثر مـوجـب عـدم دقـت و حجم زیاد دادخواهی می‌شوند. در بعضی مواقع ممیزان و مؤدیان مالیاتی روابطی را برقرار می‎کنند که بر رعایت انصاف و عدالت ممیزان تاثیر می‎گذارد. عدم وجود ساز و کارهای کنترلی در سیستم اجرایی مالیاتی، به ممیز مالیاتی قابلیت انعطاف پذیری بسیار زیادی را در هدایت تشخیص می‎دهد. این امر، بی دقتی و تقلب را افزایش می‌دهد. به دلیل عدم وجود روش های اجرایی مالیاتی قوی، تعداد زیادی از دادخواهیهای مالیاتی علیه سازمان مالیاتی کشور طرح می شود.

۳- منابع انسانی

یکی از عوامل کلیدی در پیشرفت نظام مالیاتی، داشتن کارمندان کارآ و خلاق است. به منظور دارا بودن این پرسنل باید به ۳ نکته توجه کرد:

اختیارات و مسئولیت‌های هر شخص به طور کامل و شفاف، مشخص باشد.

هر فرد به رتبه و سمتی دست یابد که در آن تخصص، مهارت و تجربه داشته باشد.

هر شخص به اندازه شئونات، منزلت و مقامی که دارد حقوق و مزایا دریافت کند.

همان‌ طور کـه کـارمنـدان در مـوقعیتهای مختلف، متناسب با مهارت و تجربه خود، حقوق دریافت می‎کنند باید در ازای کارها و شیوه های جدیدی که در کار خود ارائه می‌دهند نیز پاداش دریافت کنند. اگر این سیاست‌ها به اجرا در نیاید، کارمندان به یکنواختی (روزمرگی) دچار شده، اغلب انگیزه کار درست را از دست داده، به شدت از سازمان خود رنجور شده و عدم رضایت شغلی خود را بروز می‎دهند. در راستای سیاست‌های لازم جهت هدایت و سازماندهی کارمندان سازمان مالیاتی باید به پرسش‌های ذیل پاسخ گفت:

۱- چـگـونه باید کارمندان را در بخش‌های مختلف به کار گرفت؟

۲- چگونه باید به کارمندان مختلف، حقوق پرداخت کرد؟

۳- چه قوانینی برای اعطای پاداش وجود دارد؟

۴- آیا شرح وظایف پرسنل به طور شفاف تعریف شده است؟

عوامل زیر در رابطه با پرسنل سازمان امور مالیاتی در اثربخشی و اصلاحات آن می‌تواند مؤثر باشد:

-پرداخت حقوق و مزایا متناسب با تخصص و فعالیت.

-انعطاف پذیری در نظام حقوق و دستمزد.

-اندیشه‌های گروهی کارمندان در دستگاه مالیاتی مدنظر قرار گیرد.

-داشتن امنیت شغلی از کارمندان رده پایین تا مدیران ارشد.

-با توجه به اینکه کارمندان سازمان نمایندگان دولت هستند که با قشر وسیعی از افراد جامعه در تماس هستند از افرادی به عنوان مامور اجراییات استفاده شود که قدرت جذب اندیشه‌های مفید جامعه را داشته باشند.

۴- مؤدیان مالیاتی