با توجه به اینکه اندازه قطعه حدود ۱۵۰۰ نوکلئوتیدی موردنظر بوده است، و کلونهای مشاهده شده تفاوتی ندارند، یکی از کلونها برای تعیین توالی انتخاب شد. تأیید استخراج پلاسمید با ژل آگارز ۱% صورت گرفت.
( اینجا فقط تکه ای از متن فایل پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )
۴-۴-بررسی تعیین ترادف پلاسمید حاوی ژن PCR جدایه UTMC2299
پس از استخراج DNA ژنومی، واکنش PCR بوسیله پرایمرهای ۹F و ۱۵۴۱ جهت تکثیر ۱۶srDNA با بهره گرفتن از DNA ژنومی انجام شد. طول قطعه ۱۶srDNA به دست آمده و در حدودbp 1500 میباشد، که حاکی از درست بودن واکنش PCR در تکثیر ۱۶srDNA بوده است. توالی نوکلئوتیدی ۱۶srDNA باکتری جداسازی شده در این پروژه و نتایج حاصل از بررسی همولوژی بهدست آمده با کمک نرم افزار Chromas pro خوانده شده است.
GAGTTTGATCATGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCCGACGTGAAAGGGGAGCAATCCCCCGGTAGGGTGGCAAACGGGTGAGTAAGACATGGGTGATCTACCCTGGAGATGGGGATATCCCTCCGAAAGGGGGGGCAATACCGAATAGAGTCCGGTTCCGTGAAGGGGACCGGGGAAAGGGAGGCCTCTGGAACGAGCTTCCGCTCCTGAATGAGCCCATGGCCCATCAGCTAGTTGGTAGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCTGGTCTGAGAGGACAACCAGCCACACTGGCACTGAGACACGGGCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGTGGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACCACTTTTGCCCGGGACGAAAAGGGGCGTCAGAATACGGCGCTTCGATGACGGTACCGGGAGAATAAGCCACGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACAGAGGTGGCAAGCGTTGTTCGGAGTTACTGGGCGTAAAGAGTCTGTAGGTGGTTTGTCAAGTCTTTGGTGAAAGGCCGTGGCTTAACCATGGGAATGCCAAAGAGACTGGCAGACTGGAGGCTGGGAGAGGGAAGCGGAATTTCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCAGAAGGAAGGCCGGTGGCGAAGGCGGCTTCCTGGAACAGGCCTGACACTGAGAGACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGGGTACTAAGTGTGGGAGGGTTAAACCTCCCGTGCCGCAGCCAACGCAGTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGTGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATACCGCGAGTAGGGAACTGAAAGGGGACCGACCGGTTCAGTCCGGAAGCGGAACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTTGGGTTCAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTCTGTTGCCACCGGGTCATGCCGGGCACTCTGAGGGGACTGCCAGCGACAAGTTGGAGGAAGGAGAGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGCCCAGGGCCACACACGTGCAACAATGGCCGGTACAGACGGATGCGAGACCGAGAGGTGGAGCAAATCCGAGAAAGCCGGTCCCAGTTCGGATTGAGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGTATCAGCACGACGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTCTGTTGTACCTGAAGTCGGTGCCCCAACCGGAAACGGAGGGAGCCGCCCAAGGTATGGCCGGTAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAG
این نوکلئوتیدها در بانک ژنی از نظر تطابق با کمک سایتEZ- taxon biocloud مقایسه شده و مشخص گردید که باکتری مورد نظر با شباهت۳۴/۹۸ درصدی باکتری Leptospirillum ferriphylum میباشد.
بررسی شباهت باکتری با باکتری های مشابه EZ- taxon biocloud بررسی شد و نتایج آن مطابق با جدول زیر میباشد.
جدول ۴-۳) میزان تشابه باکتری جدا شده با سویههای مشابه
Name
Strain
Author
Accession
Pairwise similarity (%)
Diff/
total nt
Complte (%)
Leptospirillum ferriphilum
AtCC 49881
Coram and rawling 2002
AF356829
۹۸٫۳۴
۲۵/۱۵۰۶
۱۰۰
Leptospirillum ferrooxidans
L15(T)
(ex markosyan 1972) Hippe 2000
X86776
۹۲٫۹۰
۱۰۵/۱۴۷۹
۱۰۰
Nitrospira defluvii
Spieck et al.2006
DQ059545
۸۲٫۹۲
۲۵۵/۱۴۹۳
۱۰۰
Nitrospira moscoviensis
NSP M1(T)
Ehrich et ai.2001
X82558
[چهارشنبه 1401-04-15] [ 05:41:00 ب.ظ ]
|